Memo Rex Commander y el Corazón Atómico de la Vía Láctea(2006-2008)

Los primeros seis meses del año 2006 fueron bastante activos para Zoé; siguieron dando shows muy estratégicos como el Festival Vive Latino y se comprometieron con la producción de su tercer álbum. En enero de ese año la banda se fue a Manzanillo para comenzar con la pre-producción del álbum con el productor británico Phil Vinall. Llegó febrero, con más shows y más pre-producción el la Cd. de México. En marzo se grabaron las canciones del disco en Sonic Ranch Studios en Tornillo, Texas. En abril se llevó a cabo la post-producción y más shows. Las canciones fueron mezcladas en mayo (ese mismo mes participaron por tercera ocasión en el Festival Vive Latino). El álbum estaba listo a principios de junio.

Memo Rex Commander y el Corazón Atómico de la Vía Láctea salió a la venta el 12 de julio de 2006, debutando en el número uno en ventas en México. El primer sencillo fue "Vía Láctea". El álbum alcanzó el Disco de Oro gracias a sus más de 50, 000 unidades vendidas en cuatro semanas después de su lanzamiento, además de ser muy bien recibido por la crítica especializada. El disco fue presentado el 15 de julio de ese mismo año en el Teatro Metropolitán con dos fechas, totalmente agotadas desde semanas antes del show.

El primero de septiembre de 2006, Zoé se presentó en el Auditorio Nacional en un concierto de entradas agotadas, lo cual es difícil de lograr, ya que es uno de los escenarios más importantes en México y en el mundo entero. En noviembre de 2006, estuvieron de gira con Gustavo Cerati y Los Tres por todo México y Estados Unidos. Cuando la gira pisó el Palacio de los Deportes en la Ciudad de México, Nick McCarthy, el guitarrista de Franz Ferdinand participó con ellos en la canción Human Space Volt.

Para conmemorar los diez años de la banda se hablaban de muchas alternativas, desde un concierto masivo y gratuito en el Zócalo de la Cd. de México hasta una presentación en un lugar pequeño, cuyas entradas fueran regaladas a aquellos que demostraran ser los fans más devotos de la banda. Finalmente, se decidió que el concierto sería grabado el 28 de noviembre de 2007 en el Palacio de los Deportes. Al concierto asistieron 17, 976 personas, por lo que se sabe que solo faltaron 24 personas para hacer un lleno total en el Palacio de los Deportes. El concierto contó con la participación de Chetes en las canciones "Love" y "Deja Te Conecto" (sencillo del disco). Este fue el primer disco en vivo de Zoé. Salió a la venta en mayo de 2008 con el título 281107 y el DVD (titulado igual que el disco) salió a la venta en abril de 2009. El DVD documenta la gira de Zoé, la preparación para el concierto, el concierto, testimonios de la banda y de algunos de sus seguidores.